Hoy en día no hay diferencia alguna. Una gráfica de iguales características rinden igual en AGP que en PCI-E. Ahora me diréis "pero es que en PCI-E es un 5% más rápida", ¿y eso en que se traduce en la práctica? En nada.
Ahora bien, para tener una tarjeta gráfica PCI-E, no basta simplemente con comprarla, necesitas además una placa base compatible con PCI-E y un procesador nuevo ya que los antiguos procesadores no son compatibles con las nuevas placas ya que usan sockets distintos.
Si tienes una placa base compatible con PCI-E, adelante, si tienes una con AGP, simplemente es tontería cambiar placa y micro, simplemente para tener una tecnología que a día de hoy no aporta avance alguno, incluso la diferencia entre AGP4x y AGP8x es nula.
Salu2