a ver... os voy a dar un poco de teoria de multiproceso y ocupacion de recursos...
un SO multitarea (como windows o linux) tienen un kernel que es el encargado de repartir los recursos finitos (una CPU con un potencial de varios bogomips, un disco duro de velocidad y capacidad limitada, una RAM de un tamaño determinado) de tal manera que varios programas corriendo simultaneamente sean capaces de compartir esos recursos sin chocarse uno con otro.
para eso usan varios sistemas de concurrencia. el recurso mas ambicionado por todos los programas son la CPU, asi que los kernels usan varios sistemas de comparticion, como timeslice, semaforos, llamadas a dormir a los procesos... obviamente cuando ningun proceso esta haciendo NADA, el procesador hay que ocuparlo en algo... no es algo que pueda estar desocupado, porque si una CPU esta desocupada, sobreviene un cuelgue del sistema. en windows, el proceso que se encarga de rellenar la CPU cuando ningun otro proceso esta trabajando se llama 'proceso inactivo del sistema', en linux creo que se llama el 'idle loop', pero no estoy seguro. cuando no hay ningun proceso haciendo nada, el kernel encarga a ese 'idle loop' que rellene la cpu para que no se cuelgue, por eso no puedes detener ese proceso.
tu problema vendra seguramente originado por otro recurso que no es la CPU, sino el disco duro. el disco duro es otro recurso finito que los programas pelean por monopolizar, tanto en capacidad como en ancho de banda. lo mas seguro es que al arrancar tu emule, este tenga que chequear el hash de algunos archivos y emule empieza a leer del disco duro para leer los archivos completo y calcular su hash. mientras el kernel esta ocupado leyendo el disco duro, tu disco duro no esta disponible para nada mas, asi que las peticiones de lecturas nuevas que le llegan, quedan retrasadas hasta que se complete alguna de las que ya se estan realizando. (en realidad una lectura grande se rompe en varias pequeñas para evitar que un proceso monopolize el disco duro, con un algoritmo parecido al de la CPU, pero es algo tecnico que no vamos a discutir ahora). eso es una de las razones porque mientras el SO arranca practicamente no puedes iniciar ningun programa, porque el SO esta ocupado terminando de cargar modulos y programas necesarios al lado del relojito.
para mejorar esto puedes defragmentar el disco duro, porner otro disco duro exclusivo para los directorios temp e incoming del emule o aumentar la RAM para que asi el SO tenga mas sitio para usar de cache. otra posibilidad de la extremada lentitud es que tu disco duro tenga desactivado el DMA, que es un sistema por el cual las lecturas del disco se realizan directamente a traves de la controladora, sin que la CPU intervenga en ello. todos los ordenadores del 2001 en adelante soportan DMA, asi que es bastante improvable que tu PC no lo soporte, si acaso es posible, que no tengas instalados los drivers de la placa y por tanto tu disco duro este usando un modo de acceso PIO, que es del orden de 10 a 20 veces mas lento que el modo DMA.
una forma de saber si tu ordenador esta usando DMA o PIO, es copiar un archivo grande de una parte del disco duro a otra (ojo, copiar, no cortar), si en el administrador de procesos, durante la copia, un proceso llamado 'System' (ojo, llamado system, no 'lanzado por' system) ocupa el 70-90% de CPU tu ordenador esta usando PIO y entonces tu prioridad seria activar DMA.
PD: jope, que ladrillo...
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, y segun el antivirus no tengo nada y no se que hacer para arreglarlo 
