Si has extraido todos los VOBs e IFOs, usa el AutoGordianKnot. Es muy bueno en cuanto a calidad, y muy facil de usar (ademas es gratis).
Y si, en principio te tiene que reconocer los capitulos por separado, yo de momento solo he hecho peliculas, pero creo que para los capitulos no debe haber problemas.
Si de casualidad lo has extraido mal o te faltan archivos, vuelve a volcar el dvd al disco duro con el dvddecrypter, o bien en modo ISO (si tienes NTFS, si no no vas a poder guardar archivos de mas de 4 GB, con lo cual no podrás volcar practicamente ningun dvd entero), o bien en modo IFO.
Saludos.
