Con el winiso no he probado pero cuando he querido meter juegos multiCD en un DVD me he encontrado con el problema de la obligatoriedad de toquetear los setups ya que los archivos necesarios para la instalacion, al tenerlos en un orden alterado o carpetas/archivos con el mismo nombre dentro de cada CD, no se instalaban correctamente.
Por experiencia personal mete las imagenes tal cual, es demasiada currada para tan poco beneficio.
Un saludo