MKV no es un formato, es un contenedor.
Me explico, es un "formato" en el que puedes meter el video en diferentes codificaciones. Sea AVI, XVID, WMV, etc... varias pistas de audio en otros formatos (Mp3, OGG, Lame, etc.) e incluso pistas de subtitulos
Presumiblemente necesitaras el "pack" Matroska de su pagina oficial que tiene herramientas para añadir y extraer cosas. Lo que si me temo es que tendras que "unir" el video y el audio de nuevo en un solo fichero, por ejemplo con Virtual Dub
No hace falta por lo general recodificar, porque como he comentado MKV es un contenedor, no un formato de video o audio
Mpg2 es el formato usado de forma "estandar" por los DVD´s, Mp4... bueno, eso es otro contenedos la mayoría de las veces. Ante la duda... wikipedia que ahi "esta todo todo y todo"