para no darle mas vueltas lo que debes es hacer una particion, pasar todos los datos que deseas conservar a esta y formatear la particion windows. con el partition magic puedes hacer todo eso sin perder datos -repito nuevamente-
yo actualmente mi disco de 120 gb lo tengo repartido asi:
10gb para windows (incluyendo programas y aplicaciones permanentes, office etc)
40gb cosas que uso y muevo constantemente y aplicaciones que pruebo, me aburro y borro (aqui acostumbro tambien a instalar juegos, mp3, roms, fotos, etc etc)
60gb solo emule en lo posible - almacenaje, peliculas
10gb otro os o lo que tu quieras (tuve linux durante un tiempo aqui)
actualmente de los 10gb de windows estan ocupados 4, asi que tengo para rato

. espero sirva para que tengas una idea ademas de que 10gb para windows es mas que suficiente.