Yo normalmente tengo un disco duro para datos, copias de seguridad etc, y el otro que es de menor capacidad, lo tengo para el sistema, ahi es donde siempre hago las particiones, si me lo cargo, pues mala suerte, a volver a formatear, pero solo pierdo tiempo, no datos. Te recomiendo hacerlo en el de 320 gb. Lo que puedes hacer es un ghost de tu disco duro, para asi no tener que instalarlo todo de nuevo. Yo lo tengo hecho con el winxp con todos los programas que necesito al principio, vamos como un UE, pero de distinta forma y mas rapido. En definitiva, hazlo en el de 320gb