Dentro de una particion no puedes poner otra particion.
Casi que mejor que hagas otra particion a partir de la particion de windows, y por supuesto, no uses FAT, usa ReiserFS o XFS.
Hombre, hay metodos para usar Linux dentro de Sistemas de Ficheros virtuales, que en realidad son un fichero en la particion FAT. Lo unico que se consigue es que todo vaya mucho mas lento.
