Pues yo vengo a decir justo lo contrario, la mejor opción es ext3 ... que no 4 que su soporte aún está reducido en windows...
¿La razón?, pues que Linux va a trabajar obviamente sin problemas, el sistema se conoce (y se conoce su código y forma de trabajar) y hay soporte con varios softwares para windows, pudiendo montar la unidad sin problemas y trabajar como si de una NTFS se tratara... pero sin los inconvenientes que te podría dar a nivel Linux por dejar mal cerrado el sistema de archivos, no hacer tal o cual check, inconsistencias de diarios... que te obligaría a arrancar windows y arreglar el percal.
Yo lo tengo así en mi PC (claro que mi SO principal es un Archlinux) y 0 problemas.
Salu2.