Eso pasa con los videos que tienen el audio en Variable Bitrate.
Virtualdub encuentra en ellos una cosa incorrecta y la "repara", y eso causa que se estropee el audio.
Solucion: Usa el VirtualDubMod, que te preguntara si quieres reescribir la cabecera del audio, o dejarla igual, le dices dejarla igual y ya esta.
