Bueno, despues de varias pruebas la solución ha sido intercambiar la posición de las gráficas, estaba la ati en el primer pci a 16x, pero como tengo dos pci a 16X la he cambiado al segundo y ahora ventila mucho mejor, he dejado la nvidia en el primero solo para physx, el diseño de la 5850 obliga a que quede libre la parte de abajo para que el ventilador pueda coger aire más fresco, con la otra tarjeta pegada apenas entra aire y el que entra es caliente, por estar muy pegada la nvidia.
Esto me sigue mosqueando mucho para hacerle crossfire porque la tarjeta superior sufre mucho más, la solución puede ser la RL.
Y gracias por las respuestas, el diodo que mide la temperatura está perfecto, con todos los programas marca lo mismo evidentemente, de todas formas creo que esta gráfica es algo calentorra.