De tu post deduzco que no pretendes que no salga en la lista de procesos, solo evitar que aparezca el icono en la systray.
Hay un par de cosillas que puedes probar, aunque no se si te serviran de mucho.
Una es ir a las opciones de la barra de tareas, marcar la opcion de Ocultar iconos inactivos, y en Personalizar, marcas el eMule o el que sea como "siempre oculto".
El problema es que siempre podran hacer que se vea dandole a la flechita que aparecera, asi que no es un gran salvavidas, en caso de que te lo cierren por joder, no por error.
Otra opcion para despistar, es editar el EXE del emule con un programa como Resource Hacker, y cambiarle el icono de systray por uno que despiste, o incluso transparente.
Como otra opcion (si te animas y/o atreves) puedes bajar el codigo fuente del eMule, cambiarlo para que no salga en la systray y recompilarlo. Siempre se puede volver a mostrar desde linea de comandos ejecutando "EMULE.EXE RESTORE".
Tambien es posible que algun MOD del eMule (que al fin y al cabo te serviria igual), tenga ya incluida una opcion para ocultarse.
Saludos!
