Efectivamente, OSX crea una partición invisible que invalida las mSDs. Para la scene de la Switch, es recomendable usar Windows para formatear en ExFat (Vale una máquina virtual también si no disponéis de ningún PC).
Por otro lado, y esto me llevó muchos quebraderos de cabeza, para que funcione el homebrew y no te salga el mensaje de que no existe la carpeta /switch, en un ordenador Windows hay que seleccionarla con click derecho, propiedades, opciones avanzadas y allí desmarcar la casillita de "Usar para archivar" (o algo así).
Aunque no le pasa a todo el mundo, en mi caso esa casilla ocasionaba el problema que comentaba antes y era un poco desesperante.
), al segundo me sale el mensaje de que ahora es seguro expulsarla, y asi siempre me va bien. 