Según yo pueden ser varias cosas:
Puede ser que tu lente esté "acostumbrado" a leer DVD's piratas porque el grosor de los DVD virgen es menor o mayor, pero eso solo pasa cuando usas DVD's de mala calidad y creo que el proceso de lectura del DVD y el CD son distintos asi que puede que te lea bién los DVD pero no CD o viseversa, sin embargo a mí me ocurrió algo similar con un chip MAGIC pero bastó con que abriera la consola y con una cosa para limpiar oidos, limpiara el laser pero no quedó del todo bién, asi que puedes intentarlo tú también y quizá a ti te valla mejor pero puede ser que tu laser esté descalibrado, o que tu chip afecte de algún modo a tu laser pero creo que generalmente los que generan ese problema son los CD/DVD virgen de mala calidad.
Espero que esto te sirva.