Con pocos block dañados de la NAND no debería haber problema, pero, si ese block está ubicado en algún sector crítico para su buen desempeño, creo que habrá problemas. Algunos recomiendan no hacer cambios en la NAND cuando hay blocks dañados, siempre y cuando no te de problemas.
Violviendo a tu caso, busca alguna NAND sana para FAT y ejecútala en la FAT mas dañada que tengas para probar, después de formatea las flash (esto ne te reparaba los sectores) y vuelve a instalar el 5.00 M33-4, crear nuevas idstorage, etc.
Espero te resulte, si no se resuleve, tal vez tengas problemas físicos en tu PSP