Es normal, la placa base muestra la temperatura de un sensor mientras que Afterburner utiliza otros sensores. Es posible que la placa base te muestre la media de temperatura de todos los núcleos del procesador o su propio sensor cerca del socket, mientras que Afterburner por defecto obtiene lo que le da Windows, que suele ser lo que le da el procesador directamente y ésta es la temperatura más alta que registra uno de los sensores.
Por ejemplo, Afterburner me muestra ahora unos 40ºC de temperatura que es la temperatura más alta de uno de los núcleos por usar el navegador, mientras que HWiNFO me está diciendo 36ºC, que es la media de todos los núcleos.