Lo que yo creo que ha ocurrido es lo siguiente:
Tu disco duro ha estado alcanzando temperaturas excesivamente elevadas (y desde luego mas de 50 grados lo son) asi que los parametros del SMART han alcanzado el punto critico que ha generado el aviso y por lo que parece en una sesion intensiva ha pillado un "calenton" y se ha colapsado.
Afortunadamente al enfriarse vuelve a funcionar.
Asi que lo primero de todo haz copia de seguirdad del contenido que te interese.
Prueba separandolos y si no tendras que sacar uno de la caja, aunque esto es un engorro.
Para controlar las temperaturas prueba los siguientes:
* Hard drive inspector
web:
http://www.altrixsoft.com/en/hddinsp/
Es un residente que te indica continuamente la temperatura de los discos duros, ademas te permite leer los parametros SMART y despues de unas semanas de uso hace una estimacion de la posible fecha de fallecimiento del disco duro segun temperaturas, errores, etc...
* Everest Ultimate Edition
web:
http://www.lavalys.com
Aunque su uso principal es informar del hardware que tienes tambien tiene un residente para temperaturas de disco duro, procesador, placa base, grafica,...
Alguna vez he leido que se han tomado medidas drasticas contra la temperatura, como tener un ventilador domestico apuntando directamente al interior de la caja abierta. Podria ser una solucion desesperada.
Suerte.