Si te refieres al formato dvd-video necesitarás algún programa de autoría de dvd´s. si simplemente quieres grabar en AVI el fichero para reproducirlo luego con un lector de dvd-div-x o con el PC, los subtitulos pueden estar en cualquier formato "de subtítulos" como STR, SSA o similar, simplemente reproducelo con VLC o en su defecto ponte los codecs de VOBSUB en el PC
Si lo que pretendes es convertir de nuevo el AVI a formato DVD, entonces supongo que pretenderás renderizar los subtítulos empotrandolos en el vídeo, lo que se conoce como "hardsub". Para eso puedes usar el Virtual Dub que es gratuito
