pues puede ser ke tuvieras configurado el thunderbird para ke mantuviese una copia de los correos en el servidor y en la cuenta en que te aparecen borrados no activaras esa opcion, por lo cual esos mails los tenias en local y al formatear se han perdido. Fijate en tu bandeja de entrada de esa cuenta entrando desde webmail si tienes o no tienes correos y asi te aseguras.