Has actualizado el arbol del portage, pero ahora tienes que actualizar el portage. Que son el conjunto de programas que gestionan el sistema de paquetes del portage. Por ejemplo, emerge.
Vamos que un:
# emerge portage
te actualizará sin ningun problemas.
Después, te recomienda que actualices los ficheros de configuración (esto lo deberias hacer siempre) usando el etc-update. Eso si, ten cuidado si es la primera vez que lo utilizas, no te cargues la configuración que te has currado tu (el fstab por ejemplo). Si el fichero que te quiere actualizar no lo has tocado en tu vida, dejalo que haga tranquilamente.
Saludos