Yo creo que es más eficiente 3 sacando y 1 metiendo, ya que va a mover mas aire por la caja, y van a chupar de la zona mas caliente (alrededor de la CPU, arriba-atras).
Ten en cuenta que si sale aire, tiene que entrar por otro lado, por lo que básicamente tener un ventilador sacando implica que va a entrar aire por otro(s) lado(s) a la caja, aunque no tengas ventiladores metiendo.
La pega es que el aire entra por donde pille, por lo que es más facil que entre polvo si la caja tiene rejillas grandes por donde entre el aire.
Resumen general:
3 sacando, 1 metiendo = mayor ventilacion.
2 sacando, 2 metiendo = menos polvo al forzar más el aire a pasar por los filtros de polvo que tengan los ventiladores que meten.
Por otro lado, si te gusta experimentar, podrías probar tu varias combinaciones, y ver que tal se portan las temperaturas de la CPU y la gráfica, ya que a lo mejor de una forma la CPU esta más fresca, y de otra forma la gráfica es la más fresca, y ya decides que componente te interesa más que este fresco.