Antes de apagar prueba una cosa:
Abres el administrador de tareas (ctrl+alt+supr) y en la pestaña procesos cierra todos los que puedas menos el explorer y los svchost (habrá algunos que no te dejará cerrarlos, es normal simplemente cierra todos los que puedas). Luego apagaa y mira si el tiempo se reduce bastante, si sigue tardando mucho pues el fallo está en otro lado y será más complicado de quitar.
PD: ¿Qué antivirus usas? Porque si usas el panda antivirus puede ser una causa, yo conozco a dos personas que usan ese antivirus y el ordenador les tarda una eternidad en apagar. Si puedes desinstalalo y verás como funciona mejor todo, y busca otro antivirus, o actualizalo a la ultima version, que decían que ivan a mejorar el rendimiento, porque el de la version titanium era penoso.