Hola!
No uso GuadaLinex pero creo que te puedo ayudar. La mejor solución ante estas "equivocaciones" es desde la consola, en modo texto, borrar todos los ficheros 'ocultos' que te suenen que puedan ser de GNOME (.gnome2, .gconf, .nautilus).
Suelen ser directorios más que ficheros.
En GNU/Linux los ficheros ocultos empiezan con un ".", por ejemplo: ".gconf".
Para ver estos ficheros escribe ls -a, o utiliza el Midnight Commander (mc).