dices que el pc no las reconoce en la bios? en tal caso, puede que una de ellas se haya escacharrado y si comparten el mismo canal IDE pues acabe afectando a las 2 a la vez (para eso abre la torre y desconecta cada una de ellas por separado, a ver que pasa). Eso suponiendo que estén correctamente instaladas como master/slave.
Si es en windows que no las reconoce, puede que haya sido culpa de algun programa para copiar CD/DVD que haya instalado algun driver por su cuenta y de conflicto con el existente, aunque tambien es posible que el propio programa ITUNES haya instalado algo parecido. Pero como digo, esto solo en caso de que no lo detecte en windows, en caso contrario, prueba lo que te he comentado al principio y ya nos diras.
Un saludo