La he liado parda con TuneUp - Duda copia de datos

Hola a todos. Os cuento lo que me ha pasado a ver si alguien me puede recomendar (mini chorizo inside)

Comenzar diciendo que tengo windows xp sp3 y ubuntu 10.04, y el gestor de arranque es GRUB. P4 3.2Ghz, 2Gb RAM.
Me decidí a instalar la versión de prueba de TuneUp 2012, y seguí una guía de configuración, tocando, entre otras cosas de menor importancia, dos opciones que pueden ser criticas e igual la lié parda: lo configuré para que el kernel del sistema operativo se cargara en RAM (algo que el mismo programa recomendaba) y activé UDMA66 para el disco duro (eso no lo recomendaba el programa, pero sí la guía de configuración). También hice una limpieza y defragmentación del registro. El programa no da ningún tipo de error, y como me pide, reinicio el equipo.
Nada más cargar windows de nuevo, en cuanto sale lo de bienvenido, pantallazo azúl (si fuera necesario tengo el log con el error). Desde entonces solo arranca en modo a prueba de fallos.

He probado, en este orden:
- Restauración del sistema (al reiniciar CHKDSK ha corregido un montón de errores )
- Al no dejarme instalarlo desde el modo a prueba de fallos, he descargado una versión portable del mismo para usar la opción de deshacer los cambios.

No he conseguido nada, sigue sin arrancar normalmente, aquí sigo a las 5 y media de la mañana.
¿Alguien sabe que podría haber pasado?¿Alguna solución que no implique el guardado de datos y formateo?

En caso negativo y que toque formateo, mi duda es la siguiente. ¿Paso los datos a un disco duro externo desde xp modo prueba de fallos o ubuntu? ¿Es seguro hacerlo desde ahí (por eso de que no es el formato de linux)? ¿Algún problema para reconocer un disco duro externo conectado via USB? La verdad es que sería mi última opción ya que tengo muchísimas cosas que guardar y me llevaría muchas horas organizarlas y guardarlas, además de que me hace falta para la uni.

Un saludo y gracias. Espero que alguien pueda echarme un cable.