Yo una vez intente poner Win XP en un HDD externo y se me peto el PC porque no podia bootear la 2ºda parte de la instalación ubuntu creo que lo puedes instalar sin problemas, pero no te lo recomendaria mucho
Edito: que quieres instalarlo en HDD externo o desde el HDD externo? que no me quedo claro si es desde no puedes tener los dos a la vez porque para crear el USB booteable hay que formatearlo lo primero de todo
