Eso tiene pinta de ser algun servicio o algun programa que se carga al inicio que esta dando problemas.
Entra en modo a prueba de fallos, vete a inicio-ejecutar, escribe msconfig y dale a intro. Revisa ahi las pestañas inicio y servicios, a ver si ves algo raro.
Tampoco vendria mal que hicieras un chkdsk /f /r desde la consola msdos.
Suerte!