Yo creo que si se guardan, si los haces en el savegame aparecen los iconos de esos personajes junto con los protas cuando acabas su ruta (estos con un brillo rodeándolos). Otro motivo más que indica que el DLC es tijeretazo de lo que iba a ser el juego en general.
Lo que pasa es que las recompensas por hacer desvíos si son para cada ruta. Por ejemplo, en la de Cai donde el mapa es más reducido, las posibilidades de subir nivel también. Hacer los desvíos aunque sea repitiendo, dinero al margen, es una buena manera de poner a punto al equipo.