Actualmente los discos duros mecánicos apenas superan el ancho de banda que ofrece un SATAI, así que da igual que el puerto sea SATAII o SATAIII al igual que da igual que el hdd sea SATAII o SATAIII porque el rendimiento va a ser el mismo. La cosa cambiaría si estuviéramos hablando de un SSD.
Sí, son retrocompatibles.