Prácticamente siempre será más lenta cualquier operación de disco entre 2 particiones distintas comparada con otra que sea en la misma partición, los cabezales tienen que recorrer menos distancia, así que tal vez sea eso.
También pasar un fichero de un sistema de ficheros ext3 a otro sistema de ficheros ntfs seguramente necesite algún tipo de conversión que disminuya un poco el rendimiento, pero esto no lo sé seguro, sólo lo supongo.
De todos modos, poco puedes hacer, creo que ahora mismo el mejor driver con escritura ntfs es el que te viene por defecto, ntfs-3g, y con suerte, que no es que hayan tenido mucha ayuda de microsoft los que lo han desarrollado.
Exte3 le mete un buen repaso en velocidad a Ntfs.
