No acabo de entenderte. Teóricamente cualquier programa diseñado para X86 es compatible con X86-64. ¿Lo que quieres es que el ejecutable esté compilado específicamente para X86-64? En ese caso teóricamente necesitarás el código fuente y compilarlo.
De todas formas, salvo algunas excepciones, compilar algo específicamente para X86-64 no aporta ningún beneficio.