C es igual en linux, en windows, en la gameboy y hasta en la tostadora, lo unico que has de tener en cuenta es usar librerias que esten donde quieres que acabe el programa y no ser muy guarro.
Respecto a lo de las librerias un ejemplo seria si usas directx es evidente que solo va a funcionar en windows porque no estan para otras plataformas, en cambio si usas sdl que van en todos no tendras problemas. Ya me imagino que directx no usas, pero por ejemplo si has hecho algo con ventanitas es muy probable que solo hayas usado las de windows.
Y sobre lo de ser muy guarro es por ejemplo no hagas un open("C:\archivos de programa...." ya que linux te va a decir que de c: nada de nada.
En resumen, si te has enterado de como se programa en c en windows el paso a linux es muy sencillo porque cambia muy poco.
Saludos