Yo no he usado Acronis y por ello mejor que alguien te confirme tus dudas...
Pero lo lógico seria,que si lo que quieres recuperar es solo la partición donde está el sistema operativo,pues se haga desde antes de cargar este..o sea haciendo la carga y cambiando esa partición desde BIOS,(lo mismo hay que poner que lo primero que lea sea de la unidad de disco,si está en un CD.como en mi caso con Clonecilla).,sea por un cd o por usb...pero antes de tener el windows en marcha..no creo que se reescriba dentro del mismo por otro,cuando hay procesos y servicios funcionando del mismo que está en marcha...diferente seria si una partición a restaurar fuera de datos,en donde no se viera afectado el windows...Como digo,me suena a mas lógico..pero que te comenten algo mas.
Otra cosa es que,cuando yo cloné mi disco duro a otro,fué por completo y no hacer una imagen..sino que en ese mismo momento se pasara todo el clonado de un disco que decia romperse a otro nuevo recien comprado...y es que eso es lo que necesitaba hacer.
Si la imagen está hecha solo para una partición,esa será borrada y reemplazada..y no deberia afectar a otras .
El Cloneciilla tambien tiene la opción de pasar solo alguna partición suelta o hacerlo de todo el disco.