Gran problema disco duro interno

Buenas a todos, tengo un problema muy gordo y quiero versi a alguien le ha pasado, que me ayude a solucionarlo. Bueno resulta que en uno de mis intentos de autoaprendizaje decidi instalar el Ubuntu y ver que tal iba y como utilizarlo, logicamente con mi equipo puse el de 64 bits. Me fue muy pero que muy mal, al poco me entere de que el ubuntu 64 bits iba medio bien. Bueno viendo esto decidi instalar el de 32.

ACLARO: tengo un disco de 160 GB IDE donde instalo los S.O. y dos discos internos independientes de 500GB para Datos

El caso es que al instalar el ubuntu 32 bits todo va bien pero me sorprendo al darme cuenta de que uno de mis discos de 500 no aparece..... bueno vamos a ver como lo arreglo, usando herramientas varias de disco ( hirens Boot ) consegui hacer que apareciera el disco, pero Ubuntu pasaba de mi y cada vez que iba a abrirlo me decia que era imposible montar el volumen. Despues de mucho pelear sin conseguir nada de nada con ningun programa Ubuntero, decidi volver a mi Windows 7 Ultimate de siempre.

Aqui fue cuando ya casi me da un infarto..... Resulta que podia ver el disco pero no me dejaba acceder, compruebo el disco y parece ser que se arregla dejandome entrar y parece que esta todo bien. Soy un Animaniaco, me encanta el anime y en ese disco tenia 2 carpetas:

1ºSeries anime
2ºSeries anime pendientes de ver

Con la segunda no tuve problema pues entre y estaba todo correcto, pero cuando abro la primera carpeta resulta que ESTABA VACIA no habia absolutamente nada. Tenia cerca de 26 series completas y varias en proceso....... Imaginaos el acojone. Bueno pues ya para terminar de sorprenderme cuando abro Equipo y veo los discos veo que mi disco de Datos de Anime tiene exactamente el mismo tamaño de disco ocupado de antes, es decir que antes de hacer nada de nada de los 500 me quedaban 180 libres, y ahora me ha desaparecido todas esas series y sigo teniendo ese espacio.... Alguien lo entiende ???? osea que segun varios programas el disco esta perfectamente le hago Chkdsk y le paso varios problemas de reparacion de sectores e incluso recuperacion de datos pero nada de nada segun me dicen el disco esta perfectamente, con la contra de que me faltan todos esos archivos.

Conclusion: Me han desaparecido cerca de 26 carpetas de un disco pero sigue ocupando el mismo espacio.

AVISO: Se perfectamente que no es ningun virus ni troyanos ni nada por el estilo. Para ahorrar comentarios de ese tipo xD
Gracias a los que contesteis :)
Pásale alguna herramienta de recuperación de datos tipo GetDataBack
Probare con ese a ver que pasa T-T
Si no me he enterado mal, con windows esos datos no están.  ¿has probado un live cd de linus, sin instalarlo a ver si con el live cd si lo detecta?  Si dices que el disco duro no lo montaba, prueba a desconectar el otro que sí reconocía y a conectar ese en su lugar.
Pues no el GetDataBack tampoco funciono.....

Totemon no estaban ni con windows ni con linux, despues en linux aparecio el disco pero no tenia acceso (tampoco desde el live) y ahroa estoy con el windows y veo el disco entro veo las carpetas pero la que comente de las series esta vacia, oeri el disco sigue teniendo ese espacio ocupado, para ser mas concreto, en el disco que es de 500 hay dos carpetas Series anime y series anime pendientes de ver, la de series anime pendientes esta perfectamente y ocupa 40 y algo y la de series anime eta vacia, pues segun el disco solo me kedan 180 GB libres, con lo cual eso me da a entender que los archivos siguen ahi ocupando ese espacio pero por alguna razon han desaparecido de la vista. Ya no se lo que hacer ya T.T
Por eso te decía.  A mí me pasó una vez algo parecido con unos archivos que "no estaban" pero estaban ocupando sitio.  Inicié con un livecd de linux y localicé los archivos.  En mi caso quería eliminarlos pero tú a lo mejor puedes copiarlos al otro disco duro si lograses encontrarlos.
Suerte!
Gracias volvere a intentar cuando llegue a casa a ver si hay suerte ^^
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