Bueno, en realidad depende de la placa. En mi caso la CPU al arrancar hace caso a lo que le pongo en la BIOS, tengo puesto al 100% en la BIOS y luego al arrancar Windows y cargar el SpeedFan se ajusta la velocidad, pero si pusiera velocidad de FANCPU1 a nivel 1 arrancaría al mínimo de velocidad, aunque eso luego lo toma como base y el 100% es el nivel 1, por eso le tengo puesto a full y luego que Speedfan controla.
La gráfica me guarda la configuración, si en el MSI le pongo el fan a 0 (apagado) al arrancar no se iniciaran, si le pongo el MSi a 100% al arrancar se pondrán a full. Es curioso, lo mismo pasa con su programa de Gigabyte ya que tiene los leds, si ajusto los leds de un color, efecto visual o apagado pues al arrancar se queda como lo deje.
Supongo que también la Gráfica debe guardar su configuración.
De todas formas si lo he visto con el procesador pero nunca con la gráfica, normalmente arrancan a una velocidad baja y luego depende del modelo se para o no.