Es que yo no soy dj ni hago nada de esto, pero si lo quieres grabar por pistas, después de hacer el montaje con el soundtrax y guardarlo como una pista sola, usa el nero wave editor (va en el mismo paquete), buscas justo donde se solapan las dos pistas, pinchas ahí con el ratón y, sin soltar, vas al principio de la pista, le das a "copiar a archivo" y guardas (yo lo hago como wav). Una vez guardado, borras lo seleccionado y repites la operación (siempre guarda del final de la pista al principio), y así hasta que termines.
Después, con el nero, creas un cd de audio, metes todas las pistas y antes de grabar le quitas las pausas entre pistas, y ya lo tienes grabado por pistas.
No sé si te servirá, prueba con un cd regrabable, a ver si te sirve para otra.
Enga, nos vemos.