Es que siempre va a perder, estas recomprimiendo, son formatos de "perdida", es como cuando grabas una cinta en otra y de esa otra en otra... configurando bien puedes hacer que la perdida sea menor pero ahí estará.
Lo que puedes hacer es comprimir ese video primero a un codec de perdida leve para postproduccion, como puede ser MJPEG o Huyuff, reduciras el espacio bastante en comparacion al video sin comprimir y ademas son codecs muy rapidos tanto al comprimir como al leer.