En "Mi Pc" o "Equipo" te saldrá el disco duro externo, seleccionalo con el botón derecho y te saldrá la opción de formatear. Eso sí, si tienes varias particiones y quieres tener sólo una tendrás q usar la herramienta de administración de discos q está en el panel de control o en accesorios (no recuerdo ahora exactamente).
También tienes opciones comerciales como Acronis Disk Director Suite...
Salu2