Windows ya solo dá opción a NTFS
Para Fat32 recomiendo el Swissknife, es el que utiliza Woxter para sus discos duros multimedia, por ejemplo...
Puedes encontrarlo
http://www.compuapps.com/download/swissknife/Swissknife.htm
Lo que tienes que hacer, una vez conectado el dispositivo por usb, es ejecutar el programa. En el menu de la izquierda te aparecerán, a parte de los discos locales, todos los dispositivos USB que tengas conectados. Cuando selecciones el que toque, tienes que darle al botón Delete (para eliminar la partición en NTFS), luego seleccionas FAT32 y le das a Create. Una vez lo haya hecho, cierras el programa, quitas el dispositivo con Seguridad, lo desconectas, lo vuelves a conectar y ya te lo detectará correctamente
Si no te convence este programa seguro que encontrarás otros en Softonic, por ejemplo, pero este es el unico que he usado y se que funciona perfecto.
Saludos