si dices dejarlo limpio, completamente limpio solo se puede logar con un programa que realize formato a bajo nivel, realiza el formateo a nivel del hardware dejando el disco como venia de fabrica. Usando el formato normal es posible recuperar parte de la informacion que se contenia, por eso en algunos lugares le dan este formato de bajo nivel y si es muy valioso que no se recupere la informacion tambien aparte se destruye el disco duro tras el formateo a bajo nivel.
como te decia, el diskmanager del fabricante viene en dos opciones, una que requiere un sistema operativo para funcionar y que viene en forma de archivo de instalacion y otro que no requiere de sistema alguno y viene en forma de archivo imagen -generalmente *.ISO estandar-, grabas un CD desde ese archivo imagen y tendras el disco CD de inicio o CD de ARRANQUE.