¿Estás seguro de que el PC te está cogiendo el pen para arrancar?
Cuando sale ese mensaje es por que está intentando cargar el SO, así que yo diría que no te está cogiendo el pen o los archivos que contiene.
3 posibilidades que se me ocurren:
1.- Te está cogiendo el disco duro como principal opción de arranque (en la BIOS puedes cambiar el orden, hay un apartado que se llama Boot Order u Opciones de arranque)
2.- Si has configurado el pen para que haga las funciones de instalador de Windows, te ha faltado algún archivo por copiar o no has configurado el pen como "bootable"
3.- Tu BIOS no reconoce el pen como un medio de arranque extraible.
Si la opción 1 la descartas por tenerlo bien configurado, prueba a forzar el arranque del pen desde la tecla de Menú de arranque (en algunos PC suele ser F11, en otros F5, depende de la marca).
A mi me ocurría con un Pentium 4 que no me reconocía el pendrive a la hora de arrancar el PC y tenía que instalar windows si o si desde un CD.
P.D. Como última opción, y por muy rara que parezca, prueba con otro pen o incluso un lector de tarjetas con una SD dentro.
Espero que te sirva.