Buenas.
Puedes pasar un escaneo con Avira Live (un LiveCD del antivirus Avira) y recuperar los datos con otro LiveCD tipo Ubuntu Live o Knoppix.
Aunque limpies el PC de "bichos", muchos archivos fundamentales de Windows estarán corruptos o serán irrecuperables...como han dicho varias personas aquí, instala desde cero formateando antes.