Fallo al iniciar Windows

Resulta que el pasado lunes por la tarde se quedó el ordenador bloqueado porque se produjo un error en el escritorio o documentos, ya no lo recuerdo muy bien. Sabía que al reiniciar el pc, habría problemas después de la pantalla principal (donde se puede acceder a la Bios, elegir las sección de arranque, etc), pero como tengo el ERD Commander 2005 y el <warez>, no le di importancia. Total, que sale la típica pantalla negra con las opciones; iniciar Windows normalmente, como la última configuración buena que funcionó, en modo seguro, etc. Cualquiera que eligiese, la siguiente pantalla se quedaba en el negro más absoluto, y si le daba a cualquier tecla, se reiniciaba el ordenador. Bueno, como tengo esos dos programas que comenté anteriormente, no me alarmé, pero tras probar de todo con ambos, al seguir todo igual, empecé a mosquearme. El problema es que pone que el archivo Windows System 32 no se encuentra o está dañado, y por lo que sé, es esencial para arrancar Windows. Así que dije, la última opción que me queda es instalar el cd de Windows XP, pero casualmente se lo dejé en su día a mi hermana, y no sabía dónde estaba, pero tras buscarlo por enésima vez, logró encontrarlo. Lo que hice fue instalar Windows XP en un disco duro de 10 gb que tenía cogiendo polvo, no formateé el disco duro (tengo algunos documentos), simplemente instalé el programa, cogiendo éste el espacio necesario para su instalación. Ahora, al encender el pc, me salen dos opciones de Windows a elegir, la primera es la última instalación y la que funciona, y la segunda lo que comenté líneas antes. Estoy seguro que ese cuelgue fue producido por un virus, troyano, spyware o lo que sea, porque al reiniciar no me hubiese salido la pantalla para elegir alguna opción, además el antivirus AVG encontró muchos archivos infectados con la extensión .exe. El virus es el Gaelicum. No sé cómo cojones ha entrado, si el AVG lo tenía al día y se actualizaba solo cada pocas horas.

Después de este ladrillo ¿cómo puedo resolver el problema?.