No puedes "aprovechar" más el penedrive. Lo que ya te han dicho es lo que pasa: Mientras que el SO mide en GiB, los fabricantes miden en GB; de ahí esa diferencia.
La única solución que te queda, o bien es comprimir el archivo, puedes usar el WinRAR o incluso el 7z que es capaz de comprimir más; o bien partir el archivo en cachos comprimidos o sin comprimrir, el WinRAR puede hacerlo también sin problemas.