hombre, siendo una caja ATX te va a caber la placa porque tb es ATX... las únicas que no te van a entrar son las superplacas E-ATX o ATX-XL, pero dudo que quieras gastarte como 500€ e una de esas xDD...
sobre el X6 o el Core i5...
a nivel de arquitectura (lo que sería core vs core), un Phenom II poco puede hacer contra un Core i5 (y en general cualquier Core iX... de hecho, hablando de las mismas frecuencias, ni siquera supera a los Core 2), el repaso de rendimiento es considerable a favor de Intel... así que si vas a utilizar software monohilo con una fuerte dependencia de la CPU, el Core i5 sería mucho mejor opción...
ahora bien, dado que (supongo) vas a jugar con el equipo y la CPU no tiene una incidencia demasiado importante en los juegos (algunos tipo SCII sí, pero son minoría), que el software actual camina poco a poco hacia el multihilo y que el Phenom II tiene dos cores más, creo que el AMD es mejor opción que el Intel...