Es malo tener el HDD sin particionar?

Que yo sepa, no es malo. Pero te recomiendo tener dos particiones, una para el sistema operativo y los programas y otra para datos. Así si un día tienes que formatear una partición para reinstalar un sistema operativo no pierdes los datos.

Particionar el HDD no es bueno ni malo. Las particiones sirven para disponer de dos unidades de disco con un solo dispositivo físico.

Es útil para hacer copias de seguridad como te han comentado, pero en caso de error físico (por ejemplo que el HDD casque y se quede inservible) la pérdida de datos es inevitable en ambas unidades. Te recomiendo un segundo HDD para copias de seguridad en vez de una partición.

Hay otra utilidad en hacer particiones del disco duro y es que el rendimiento del disco duro no es el mismo en sus primeros sectores que en los ultimos, por lo tanto si la primera particion (generalmente la C:) la usas para el sistema operativo y programas consegiras mejor rendimiento.

Hay una última utilidad, aunque muy relativa con los tamaños actuales. Cuanto mayor es el HD, mayor es el tamaño de los "clusters". Un cluster es la unidad MINIMA de espacio en HD, que puede ser de varios tamaños dependiendo del tamaño del disco... 16K, 32K, 64K, etc... un fichero ocupa SIEMPRE un numero entero de clusters, independientemente de su tamaño.

Por ejemplo, un HD con clusters de 32K... un fichero de 1 byte ocupa en HD 32 K, un fichero de 33K ocupa 2 clusters (64 K)

Eso antiguamente aun tenía sentido, hoy en día con un tamaño medio de HD de 500 Gb... pues no tanto, aunque desde luego tener una partición para programas, y otra para datos es mas que interesante. Si tienes que formatear, no necesitas copiar los datos a otro disco.

También se usan las particiones para poner mas de un sistema operativo en el HD...por ejemplo Linux y Windows en el mismo HD

El tamaño del cluster es importante Orbatos_II. Aunque en NTFS eres tu quien eliges el tamaño del cluster cuando formateas la particion, por defecto usa clusters de 4 KB, por muy grande que sea la particion.

Yo personalmente tengo algunas particiones con el tamaño maximo de cluster en NTFS, 64 KB, donde guardo ficheros muy grandes (tales como peliculas de 700 MB o mas) aunque la perdida por espacio es mayor, la gestion es mas rapida y se evita mejor la fragmentacion.

Como bien dices, si tienes previsto usar otro sistema operativo, como Linux deja espacio en la particion extendida sin usar en ninguna unidad.

Me imagino que utilizas Windows, pero nose cuál, me imagino que Xp o Vista. El Vista no lo se, pero con el Xp es mejor particionar los discos a partir de 100GB, ya que el sistema se ralentiza cuando tiene que "leer" mas de 100GB, con lo que con particiones de menor tamaña el sistema irá más fluido. Me imagino que Vista vendrá mejor preparado para trabajar con tanto tamaño de disco duro.

Lo que si que te puedo recomendar aparte de las particiones, es organizar bien el contenido de los discos.

Por ejemplo, no metas TODO el una sola carpeta de 3000 archivos (es una cafrada de ejemplo pero vale) porque cada vez que entres se ralentizará el PC mientras lee el contenido de la misma.

Organiza en directorios y subdirectorios, así se ayuda a optimizar el rendimiento del disco. Tener directorios con miles de archivos no ayuda precisamente.