Entonces es mejor que revises el disco duro, pasale un seatools por ejemplo. Deberás revisar cluster por cluster, lo cual puede tardar bastante.
Ya que los ficheros, suelen pasar por memoria antes que de una unidad a otra, también te recomendaría que le pasaras un memtest, bajatelo de memtest86.com y le hagas un test (este es mas rápido).