Tienes el SMART activado en la BIOS?
Verificalo y si no lo tienes, activalo.
Luego ve si te indica que el HD tiene algún error.
Si crees que puede ser el HD, pasale el "HDD Regenerator 1.51".
Tarda bastante (según el PC y los GB del HD, pero puede estar 10h o mas) pero es lo mejor para estos casos, escanea cluster por cluster en busca de errores y los repara (si puede).