¿Con qué has reparticionado el disco? Deberías haberlo hecho desde dentro de MDK, y así te hubiese actualizado lo que hiciese falta.
Arranca como te dije, y vete al centro de control de MDK, puntos de montaje, y disco duro. Asegúrate de que las particiones se montan dónde deben.
Puedes desactivar harddrake, pero perderás la autodetección de hardware (aunque ganarás velocidad en el arranque). En el mismo centro de control, sistema, y servicios.
Saludos