El problema que comentas ocurre en juegos parcheados normalmente cuando el parche en cuestion sustituye la intro original del PES/WE por otra propia. Al intentar cargarlos desde HDLoader/HDAdvace se quedan clavados y no arranca el video. La solución es tan sencilla como pulsar el botón Analog (el que está entre las dos setas del mando) varias veces para que salga la pantalla de menu. Ahora bien, dices que si pones un PES sin parchear a 50Hz, ¿pasa lo mismo? Pues eso si que esa raro.. ¿Seguro que no tiene cambiada la intro?
Saludos!